Vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en la tercera ola de COVID-19 en Córdoba

análisis filogenético de Omicron, identificación de co-infecciones Delta/Omicron

Resumen

En Córdoba, durante la pandemia de COVID-19, se implementó una estrategia de vigilancia molecular de SARS-CoV-2 basada en la detección de mutaciones puntuales por RT-PCR en tiempo real. Junto con la secuenciación de genomas completos, permitió la primera detección de la variante de preocupación (VOC) Omicron en diciembre 2021. El objetivo de este estudio fue realizar análisis filogenéticos a partir de las primeras secuencias de Omicron detectadas en Córdoba y determinar las variantes de SARS-CoV-2 circulantes en nuestra región durante diciembre 2021 y enero 2022.

Se analizaron un total de 2067 muestras de RNA positivas para SARS-CoV-2 obtenidas de hisopados orofaríngeos colectados durante diciembre 2021 y enero 2022 en la provincia de Córdoba, para la detección de VOC y variantes de interés (VOI) como parte del programa de vigilancia molecular implementado por el Gobierno de la Provincia. La tipificación se realizó mediante la detección de mutaciones puntuales por RT-PCR en tiempo real usando el kit TaqMan™ SARS-CoV-2 Mutation Panel (Applied Biosystems). A fin de estudiar el primer brote de Omicron, 85 muestras fueron secuenciadas por NGS mediante plataforma Illumina, usando el kit Illumina COVIDSeq RUO. Los análisis filogenéticos fueron realizados mediante los programas MAFFT v7.486 e IQ-Tree v2.1.

De las 2067 muestras analizadas, 913 (44,2%) correspondieron a VOC Delta, 1135 (54,9%) a VOC Omicron, 16 (0,8%) a VOI Lambda y 3 (0,1%) presentaron perfiles compatibles con co-infecciones. De los genomas completos secuenciados, 1 confirmó la co-infección Delta/Omicron. Los análisis filogenéticos mostraron que las secuencias de Omicron agruparon con el linaje BA.1, formando 3 grupos monofiléticos. Uno de ellos confirmó un brote cuyo origen fue un viajero, en Colonia Caroya; los otros 2 grupos incluyeron secuencias obtenidas de individuos que asistieron a una misma fiesta, señalando que habrían ocurrido al menos 2 introducciones de la variante.

El brote de Omicron ocurrido en Córdoba durante diciembre 2021 y enero 2022 probablemente fue ocasionado por varias introducciones de esta variante, su rápida diseminación originó la tercera ola de COVID-19 en nuestra provincia. Además, durante este período se describieron por primera vez en Argentina casos de co-infección Delta/Omicron, cuando ambas VOC circularon simultáneamente