Detección molecular de SARS-CoV-2 en Córdoba, Argentina

evaluación de herramientas diagnósticas alternativas

Resumen

Desde su detección inicial en Argentina en marzo de 2020, la diseminación del SARS-CoV-2 fue exponencial, produciendo una gran cantidad de casos clínicos. Esta explosión de casos de COVID-19 resaltó el rol fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública, para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. El objetivo de este trabajo fue evaluar e implementar diferentes ensayos para la detección molecular de SARS-CoV-2.

Se evaluaron 10 ensayos de RT-PCR en tiempo real (Coronavirus “in-house” CDC, LightMix® Modular SARS-CoV-2, GENESIG®, TaqMan™ 2019-nCoV Applied Biosystems, GeneFinder™, VIASURE, Novel Coronavirus Anatolia, BGI, DisCoVery y WGene), analizando y comparando parámetros cualitativos y cuantitativos: genes blanco, uso de control interno, tipo de reacción (individual o múltiple), volumen inicial de muestra, rendimiento de los reactivos, equipamiento requerido y tiempo de reacción. Además, usando paneles internos de muestras negativas y positivas con diferentes concentraciones de ARN viral, se evaluaron 2 métodos de extracción de ácidos nucleicos [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-minutos vs. 9-minutos], un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y 2 tests de amplificación isotérmica (Neokit Plus y ELA CHEMSTRIP®).

Se seleccionaron 3 ensayos de PCR en tiempo real de acuerdo a sus características y rendimiento (uso de CI, menor tiempo de reacción, detección de al menos 2 genes blanco, menor volumen inicial de muestra): DisCoVery > GeneFinder™ > WGene. Los 2 métodos de extracción de RNA arrojaron buenos resultados y fueron similares en su rendimiento; se seleccionó el MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-minutos debido a su rapidez. El reactivo FlashPrep® mostró excelentes resultados para realizar detección directa del RNA de SARS-CoV-2. Los ensayos de amplificación isotérmica arrojaron valores de sensibilidad y especificidad aceptables (>80%), excepto en muestras con Ct>30.

Los resultados muestran algunas de las mejores opciones de kits de RT-PCR en tiempo real disponibles en nuestro medio para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Los ensayos alternativos evaluados mostraron ser aceptables para su uso en contextos adversos, en la descentralización del diagnóstico y en diversos escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.