Glúcidos en la interacción SARS Cov2 B.1.617.2 (delta) con ACE2

Resumen

Resumen: 

Los pacientes alérgicos, particularmente los que sufren asma, han concentrado atención debido a la frecuencia con que presentan síntomas respiratorios que podrían hacerlos altamente vulnerables ante Covid 19. Se discute además si su predisposición a desencadenar una respuesta mediada por IgE podría ser protectora frente al ingreso del virus o solamente aumentaría la morbilidad. Actualmente impacta en nuestra población la variante B.1.617.2 o  cepa d cuya mayor transmisibilidad se debería a mutaciones que reducen su afinidad por ACE2, dándole capacidad de evadir la unión con inmunogloblinas (Igs) neutralizantes. La afinidad de la proteína S se ha estudiado considerando sólo las estructuras primaria, secundaria y terciaria de ligando y receptor. Se presenta en esta ocasión una exploración in sílico  de la influencia de algunos oligosacáridos frecuentes en estructuras biológicas sobre la afinidad de la proteína S de la variante B.1.617.2 comparada con la original (GenBank MN908947).

Las simulaciones de unión de la proteína S dominio de unión al receptor (RBD) y ACE2 (dominio de unión a RBD) se hicieron con EADock, Autodock Vina, Chimera, software open source ampliamente consensuado. Las estructuras de las proteínas y oligosacáridos obtenidas por difracción de rayos X y microscopía electrónica de RCSB-PDB se descargaron y editaron para reducir el volumen de datos acorde al hardware y software disponible.

Las afinidades obtenidas (deltaG de unión) fueron:  para la RBD-ACE2 de -4,6 : 0,0 kcal/mol y para la unión de oligosacáridos, galactosa -6,1 : -5,2 ; glucosil galactosil glucosaminil glactosaminil siálico -5,9 : -4,8,; glucosil galactosil glucosaminil glactosaminil disiálico  -7,53 :  -5,5 kcal/mol Wt : Variante Delta  respectivamente.

Los resultados son preliminares pero están en consonancia con bibliografía reciente que se basa en estudios estructurales, no de unión ligando receptor. Los resultados indican que RBD Wt tiene afinidad por ACE2 deglicosilada mientras que la variante Delta no. La variante Delta presentaría menor afinidad por glúcidos. En resumen, la afinidad (proteína-proteína) y la avidez (RBD-glúcidos) serían menores en la variante Delta favoreciendo su permanencia en fluídos extracelulares y atenuando la agresividad del inicio de la infección.