Monitoreo de SARS-CoV-2 en aguas residuales a escala de zonas sanitarias- Ciudad de Córdoba, la tercera ola COVID-19

Resumen

Las aguas residuales son una matriz que resume la excreción poblacional del SARS-CoV-2, por tanto, la vigilancia epidemiológica basada en aguas residuales es una herramienta complementaria a la vigilancia clínica epidemiológica. Objetivo: Monitorear la dinámica de circulación de SARS-CoV-2 en diferentes zonas sanitarias de la ciudad de Córdoba en la tercera ola epidémica COVID-19 para localizar puntos críticos de circulación viral, detección de variantes de preocupación (VOCs) y aumentar el conocimiento sobre la importancia del monitoreo viral localizado.

Se recolectaron, semanalmente, durante diciembre 2021-enero 2022, 63 muestras de aguas residuales de alcantarillas de siete zonas sanitarias (ZS) de la ciudad de Córdoba y 9 muestras de la EDAR Bajo Grande (BG). Concentración del virus: elusión y precipitación con polietilenglicol 6000. Extracción de ARN: MagNAPure 96- Roche. Detección genómica: DisCoVery SARS-CoV-2RT-PCR Detection Kit gen N y LightMix® Modular SARS and Wuhan CoV E-gene kit. Detección de variantes VOCs por RT-PCR en tiempo real: TaqMan™ SARS-CoV-2 Mutation Panel (Applied Biosystems).

Se registró un incremento de la detección viral a medida que aumentaba la notificación de casos COVID-19 en cada ZS, identificándose una dinámica de circulación diferencial en el tiempo, de VOCs en cada SZ (circulación de DELTA, introducción de Omicron, co-circulación de ambas y finalmente, solo Omicron). Los resultados de detección viral en Bajo Grande resumieron los obtenidos en las zonas sanitarias, detectándose genoma de SARS-COV-2 en el 100% de las muestras y reflejando primero la circulación poblacional de las variantes DELTA, introducción de Omicron, co-circulación de ambas para finalmente reflejar, a partir de mediados de enero, solo circulación de la variante Ómicron.

El monitoreo de ZS de la Ciudad de Córdoba identificó barrios con mayor circulación viral y las VOCs que circulaban en esa geografía barrial. Aportó una herramienta para fortalecer acciones localizadas de contención y mitigación para limitar la expansión viral hacia otras zonas de la ciudad y reforzar acciones de testeo viral .El monitoreo de aguas residuales en Bajo Grande reflejó, la circulación de SARS-CoV2 y variantes virales en la población de la Ciudad de Córdoba y fue predictivo de la tercera ola epidémica COVID-19.