DeSarrollo De nuevoS loci De microSatéliteS Para  
Geoffroea DecorticanS (GillieS ex Hook. & arn.)  
burkart  
DeveloPment of new microSatelite loci for Geoffroea DecorticanS  
(GillieS ex Hook. & arn.) burkart  
1
2
1
Roberto Contreras * , Felipe Carevic , Mariana Arias Aburto  
,
3
1
y Bladimir Díaz-Martin  
Wilson Huanca-Mamani  
Summary  
Background and aims:One of the few tree species adapted to the ecologically limiting  
conditions of the Atacama Desert is Geoffroea decorticans, known as chañar. It is a  
valuable multipurpose resource used as a food and medicinal product. However, for  
the purpose of genetic studies, codominant DNA markers specific for this species  
have not yet been developed. The objective of this work is to develop and validate  
microsatellite markers (SSR) for G. decorticans, in order to perform future studies of  
genetic diversity and genetic structure of populations.  
M&M: SSR markers were searched in the G. decorticans genome using the Next-  
Generation Sequencing (NGS) method, and they were validated through thirty  
individuals distributed in different localities in northern Chile.  
1
y
. Centro Regional de Investigación  
Desarrollo Sustentable de  
Atacama (CRIDESAT), Universidad  
de Atacama, Copayapu 485,  
Copiapó, Chile.  
2
. Laboratorio de Ecología Vegetal,  
Facultad de Recursos Naturales  
Renovables. Universidad Arturo  
Prat, Campus Huayquique, Iquique,  
Chile.  
Results: A total of ~ 144,117 microsatellite loci were identified and a set of 41 primer  
pairs was used for validation. The amplified fragments ranged from 106 bp to 225  
bp, the number of alleles ranged from 2 to 9, and the PIC value of the 41 SSR loci  
ranged between 0.32 and 0.86, with an average of 0.64.  
3
. Laboratorio de Biología  
Molecular de Plantas, Facultad de  
Ciencias Agronómicas, Universidad  
de Tarapacá, Arica, Chile.  
Conclusions: For the first time, putative neutral SSR markers specific to the G.  
decorticans species have been developed in order to promote genetic studies  
for the conservation of the species. The present study provides a set of 38 new  
polymorphic SSR markers, which could serve as an effective tool to estimate  
genetic diversity, genetic structure and to be used in breeding programs.  
Keywords  
*
roberto.contreras@uda.cl  
Citar este artículo  
CONTRERAS, R., F. CAREVIC, M.  
ARIAS ABURTO, W. HUANCA-  
MAMANI & B.R DÍAZ-MARTIN.  
Atacama desert, genetic diversity, Geoffroea decorticans, next-generation  
sequencing, SSR markers.  
2
021. Desarrollo de nuevos loci  
de microsatélites para Geoffroea  
decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.)  
Burkart. Bol. Soc. Argent. Bot. 56:  
reSumen  
Introducción y objetivos: Una de las pocas especies de árboles adaptados a  
las condiciones ecológicamente limitantes del desierto de Atacama es Geoffroea  
decorticans, conocido como chañar. Es un valioso recurso multipropósito utilizado  
como alimento y producto medicinal. Sin embargo, aún no se han desarrollado  
marcadores de ADN codominantes específicos para esta especie que permitan  
realizar estudios genéticos en la especie. El objetivo del presente trabajo fue  
desarrollar y validar marcadores microsatélites (SSR) para G. decorticans, con el  
fin de analizar en el futuro su diversidad genética y estructura genética poblacional.  
M&M: Se buscaron marcadores SSR en el genoma de G. decorticans a partir del  
método Next-Generation Sequencing (NGS), y se validaron a través de treinta  
individuos distribuidos en diferentes localidades del norte de Chile.  
533-545.  
DOI: https://doi.  
org/10.31055/1851.2372.v56.  
n4.32721  
Resultados: Se identificó un total de ~144.117 loci de microsatélites y de ellos se usó  
un grupo de 41 pares de cebadores para la validación. Los fragmentos amplificados  
variaron de 106 pb a 225 pb, el número de alelos varió de 2 a 9, y el valor PIC de  
los 41 loci SSR osciló entre 0,32 y 0,86, con un promedio de 0,64.  
Conclusiones: Por primera vez se desarrollaron marcadores SSR putativamente  
neutros específicos de la especie G. decorticans con el fin de promover estudios  
genéticos para la conservación de la especie. El presente estudio provee 38  
nuevos marcadores SSR polimórficos, los cuales podrían servir como una  
herramienta efectiva para estimar la diversidad genética, estructura genética y para  
ser empleados en programas de mejora.  
Recibido: 12 Abr 2021  
Aceptado: 13 Oct 2021  
Publicado impreso: 20 Dic 2021  
PalabraS claveS  
Editora: Viviana Solis Neffa  
Desierto de Atacama, diversidad genética, Geoffroea decorticans, marcadores SSR,  
next-generation sequencing.  
ISSN versión impresa 0373-580X  
ISSN versión on-line 1851-2372  
533  
Bol. Soc. Argent. Bot. 56 (4) 2021  
introDucción  
(Giménez, 2004; Núñez et al., 2009; Castro, 2020;  
Ugalde et al., 2020). Los frutos de G. decorticans,  
El desierto de Atacama del norte de Chile, es uno pueden consumirse frescos y/o secos, o también ser  
de los desiertos más áridos del planeta, producto utilizados para la elaboración de harina, bebidas  
de la subsidencia del anticiclón subtropical, el cual alcohólicas y arrope, siendo este último producto  
es influenciado por la Corriente de Humboldt, la un excelente jarabe para el tratamiento de la tos,  
distancia del Atlántico, y el efecto del cordón de los además, la corteza, hojas y flores tienen propiedades  
Andes (Ritter et al., 2019). Recientemente, debido al medicinales como expectorantes (Costamagna et  
cambio climático, las plantas provenientes de zonas al., 2013; Echeverría et al., 2020). Por otro lado,  
desérticas cobran aún más relevancia, debido a que las semillas poseen actividad anticoagulante e  
están adaptadas a entornos hostiles y con capacidad hipoglucemiante, presentando inhibidores de serina  
de tolerancia al estrés abiótico (Jiménez et al., 2017). proteasa, los cuales son los más potentes aislados  
En Chile, una de las pocas especies de árboles desde una fuente vegetal (Cotabarren et al., 2020).  
nativos adaptadas a las condiciones ecológicamente Además, las semillas de G. decorticans poseen  
limitantes del desierto de Atacama es Geoffroea propiedades nutritivas, constituyendo una buena  
decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.) Burkart fuente de nutrientes esenciales, como proteínas,  
(
(
Fabaceae), comúnmente conocido como chañar carbohidratos y lípidos (Maestri et al., 2001;  
Contreras et al., 2018). En Argentina, el chañar está Cittadini et al., 2021). Actualmente en Chile,  
distribuido en diversas provincias, como Buenos la valorización del arrope y harina de chañar  
Aires, Catamarca, Chaco, Córdoba, Corrientes, como Producto Forestal No Maderero, se vincula  
Entre Ríos, Formosa, Jujuy, La Rioja, Río Negro, La directamente a las comunidades indígenas, siendo  
Pampa, Mendoza, San Juan, San Luis, Tucumán y reconocido como un recurso patrimonial local  
Santa Fe, entre otras (Ireland & Pennignton, 1999).  
(Varela et al., 2019).  
El género Geoffroea Jacq. pertenece a la familia  
Para conservar los recursos genéticos de esta  
Fabaceae, y consta de cuatro especies aceptadas: especie, es necesario realizar más estudios de sus  
Geoffroea horsfieldii (Lesch.) Oken, Geoffroea poblaciones, sin embargo, lamentablemente hoy  
spinosa Jacq., Geoffroea violacea (Aubl.) Pers. y existen pocos trabajos focalizados en determinar  
Geoffroea decorticans (Hook. & Arn.) Burkart y su diversidad y variabilidad genética. En este  
de ocho especies cuyo status taxonómico está aún contexto, los microsatélites SSR (simple sequence  
sin resolver (Plant List, 2021). Por otro lado, se han repeat), son una buena alternativa como marcador  
observado diferencias intraespecíficas dentro de G. codominante para realizar estudios de diversidad y  
decorticans. Así, Lamarque et al. (2009), a través estructura genética, debido a que exhiben una alta  
de un estudio del perfil electroforético de proteínas tasa de polimorfismo, son útiles para identificar  
de semillas de G. decorticans, observaron grandes hibridación, análisis de flujo génico y estudios  
diferencias entre las variantes G. decorticans var. de parentesco y mapeo genético (Vieira et al.,  
decorticans y var. subtropicalis, aclarando que 2016; Contreras et al., 2019, 2020a, 2020b). De  
estas variedades están menos relacionadas de lo acuerdo a Fox et al. (2019) en 2018 se publicaron  
que se creía, y sugirió la necesidad de estudiar más aproximadamente 2.000 nuevos paneles de  
individuos en distintas regiones para confirmar su marcadores de microsatélites, sugiriendo que los  
taxonomía.  
microsatélites continúan siendo populares, y se  
De acuerdo a la Unión Internacional para la vislumbra que seguirán utilizándose ampliamente  
Conservación de la Naturaleza (UICN), a nivel en el futuro en estudios de conservación y ecología.  
mundial esta especie está clasificada como  
Los primeros microsatélites desarrollados en  
Preocupación Menor (Groom, 2012); mientras que el género Geoffroea, fueron realizados en la  
en Chile la comisión de clasificación de especies especie G. spinosa, para caracterizar poblaciones  
del Ministerio de Medio Ambiente (17°proceso de Perú, Argentina y Paraguay gracias a 10 loci  
2
2
020-2021) la propuso como Vulnerable (MMA, SSR polimórficos (Naciri-Graven et al., 2005).  
021). Geoffroea decorticans es un recurso Luego, usando 6 de estos microsatélites, un estudio  
multipropósito utilizado para la alimentación, profundizó la caracterización de la diversidad  
construcción de artefactos, muebles y viviendas genética y diferenciación de poblaciones de G.  
534  
R. Contreras et al. - Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans  
spinosa de la parte continental de Perú y las Islas individuos de la Región de Atacama (Valle de  
Galápagos, revelando diferencias significativas Copiapó, Totoral y Valle Alto del Carmen) y seis  
entre las dos regiones geográficas (Caetano et al., individuos de la Región de Coquimbo (Valle de  
2
012). Además, cinco de estos diez microsatélites Elqui) (Tabla 1). La identificación taxonómica  
polimórficos, descritos por Naciri-Graven et de los 30 individuos se realizó de acuerdo con  
al. (2005), fueron transferibles a la especie G. las descripciones reportadas por Burkart (1949).  
decorticans, permitiendo realizar los primeros Durante la recolección, las muestras se mantuvieron  
estudios genéticos de poblaciones de chañar a 4 ° C; posteriormente, se almacenaron a -80 °C  
establecidas en el Desierto de Atacama (Contreras en el laboratorio. Se depositaron seis muestras en  
et al., 2019). Sin embargo, creemos que es necesario el herbario del Departamento de Silvicultura y  
desarrollar más marcadores SSR con el fin de dar Conservación de la Naturaleza de la Universidad  
más soporte a los análisis genéticos de poblaciones de Chile (EIF, Código Index Herbariorum), bajo el  
de G. decorticans. Para ello, se buscó identificar siguiente número de voucher y localidad: EIF13800  
nuevos marcadores de ADN de tipo microsatélites (Valle de Chaca), EIF13803 (Valle de Chaca),  
mediante secuenciación NGS. El presente estudio EIF13807 (Valle de Azapa), EIF13809 (Valle de  
tuvo como objetivo desarrollar marcadores SSR Azapa), EIF13812 (Valle de Copiapó) y EIF13815  
para G. decorticans a través de la plataforma (Valle de Copiapó).  
Illumina, con el fin de realizar futuros estudios de  
El ADN se aisló de hojas mediante el protocolo  
diversidad, diferenciación genética y estructura de bromuro de cetil-trimetilamonio modificado  
genética de poblaciones de chañar.  
(CTAB) descrito por Contreras et al. (2019).  
La calidad y concentración del ADN genómico  
extraído de las muestras se verificó mediante el  
uso de un espectrofotómetro de microvolúmenes  
Colibri (Titertek-Berthold, Pforzheim, Alemania).  
Para ello, se utilizó la relación de absorbancia a  
materialeS y métoDoS  
Especie en estudio  
Geoffroea decorticans, es un arbusto o árbol 260/280 nm para evaluar la pureza del ADN , cuyo  
xerófilo, de entre 2 y 12 m de altura, de hojas valor óptimo es ~ 1,7 y, por otro lado, se utilizó  
pinnadas, con un fruto drupáceo y de flores la relación 260/230 como medida secundaria de  
amariposadas, que se reproduce mediante semillas pureza, cuyo valor aceptable se encuentra entre  
y raíces gemíferas (Burkart, 1949; Echeverría et 2,0 y 2,2 (Demeke & Jenkins, 2010; Aleksic et al.,  
al., 2020), el cual se distribuye en el cono sur, 2012). El ADN extraído de chañar se cuantificó con  
TM  
TM  
específicamente en Argentina, Bolivia, Chile, un fluorómetro Qubit 3.0 y un Qubit dsDNA  
Paraguay, Perú y Uruguay (Salinas et al., 2020). En HS Assay Kit (Life Technologies, San Diego,  
chile, G. decorticans se distribuye en el desierto de CA) de acuerdo con el manual proporcionado  
Atacama, desde la Región deArica-Parinacota hasta por el fabricante. La muestra de ADN de chañar  
la región de Coquimbo, en un rango altitudinal de se almacenó a -80 ° C y la integridad del ADN  
1
00-2600 m (Rodríguez et al., 2018). Geoffroea se verificó con un bioanalizador Agilent 2100  
decorticans dispersa su polen preferentemente vía (Agilent Technologies, San Diego, CA) antes de  
polinización entomófila (polinización cruzada y la secuenciación. A partir de una muestra de ADN  
reproducción de tipo xenogamia facultativa), sin de chañar, las bibliotecas de secuenciación se  
embargo, también se ha observado autofecundación generaron mediante un kit TruSeq Nano DNA LT  
parcial (autogamia) (Eynard & Galetto, 2002).  
(Illumina, San Diego, CA). Las bibliotecas finales  
se realizaron en un bioanalizador Agilent 2100 para  
verificar la distribución y concentración del tamaño  
Aislamiento de ADN y secuenciación  
Se colectaron hojas frescas de G. decorticans de de los fragmentos. La secuenciación se realizó  
seis individuos de la Región de Arica-Parinacota usando el servicio Genoma Mayor (Universidad  
(Valle de Azapa y Valle de Chaca), seis individuos Mayor, Chile) con una plataforma de secuenciación  
de la Región de Tarapacá (poblado de Pachica y Illumina. Las secuencias se enviaron al Centro  
poblado de Matilla), seis individuos de Región Nacional de Información Biotecnológica (National  
de Antofagasta (San Pedro de Atacama), seis Center for Biotechnology Information, NCBI).  
535  
Bol. Soc. Argent. Bot. 56 (4) 2021  
no codificante, secuencias ambiguas representadas  
como “N”, lecturas vacías y contaminantes del  
adaptador. Para garantizar la precisión y validez de la  
búsqueda SSR, se filtraron y eliminaron los cóntigos  
que tenían menos de 300 pb. Las lecturas de las  
secuencias crudas sentido y antisentido se fusionaron  
mediante el uso de PEAR versión 0.9.4 (Zhang et  
al., 2014).  
Tabla 1. Localización de muestras de Geoffroea  
decorticans utilizadas en el presente estudio y sus  
coordenadas geográficas en Chile.  
Latitud  
S)  
Longitud  
(W)  
Código  
Región  
(
Azapa_1  
Azapa_2  
Azapa_3  
Azapa_4  
Arica-Parinacota 18°29’34.9” 70°16’42.7”  
Arica-Parinacota 18°30’20.9” 70°12’58.6”  
Arica-Parinacota 18°30’08.2” 70°14’56.2”  
Arica-Parinacota 18°29’52.9” 70°15’51.6”  
Búsqueda de loci SSR y diseño de cebadores  
Se seleccionaron marcadores SSRs en todo el  
genoma ensamblado mediante el programa MISA  
Chaca_1 Arica-Parinacota 18°48’09.8” 70°10’13.2”  
Chaca 2  
Pachica_1  
Pachica_2  
Pachica_3  
Pachica_4  
Matilla_1  
Arica-Parinacota 18°48’10.8” 70°10’12.9”  
(Thiel et al., 2003). Se buscó SSRs cuyos motivos  
Tarapacá  
Tarapacá  
Tarapacá  
Tarapacá  
Tarapacá  
Tarapacá  
Antofagasta  
Antofagasta  
Antofagasta  
Antofagasta  
Antofagasta  
Antofagasta  
Atacama  
19°51’51.3” 69°24’29.6”  
19°51’49.0” 69°24’37.4”  
19°51’48.2” 69°24’37.1”  
19°51’46.4” 69°24’38.3”  
20°30’57.8” 69°21’41.5”  
20°30’58.0” 69°21’41.5”  
22°27’51.4” 68°54’37.4”  
22°27’51.1” 68°54’37.0”  
22°57’17.5” 68°13’50.5”  
22°57’15.5” 68°13’47.8”  
22°57’15.1” 68°13’46.9”  
22°57’14.8” 68°13’47.1”  
27°19’49.7” 70°34’06.8”  
27°20’12.2” 70°35’46.1”  
27°19’21.2” 70°50’39.8”  
27°54’02.3” 70°57’42.42  
28°46’41.5” 70°28’21.3”  
28°46’42.5” 70°28’17.5”  
30°02’29.6” 70°43’21.2”  
29°58’31.7” 70°58’32.9”  
30°02’29.9” 70°43’21.5”  
30°02’29.8” 70°43’21.7”  
30°02’38.5” 70°42’54.7”  
30°02’38.5” 70°42’55.4”  
comprendieran secuencias que van desde mono a  
hexanucleótidos y el número mínimo de unidades  
repetidas se estableció de la siguiente manera: diez  
unidades repetidas para mononucleótidos, seis  
para dinucleótidos y cinco para tri-, tetra-, penta- y  
hexanucleótidos. Se diseñaron pares de cebadores  
para los loci de SSR seleccionados utilizando el  
programa Primer3 (Rozen & Skaletsky, 2000). Los  
parámetros para el diseño del cebadores incluyó un  
tamaño de amplicón entre 90-230 pb, un tamaño  
de cebador entre 18-27 pb, una temperatura de  
hibridación entre 55-62 ° C y un porcentaje de GC  
entre 30 y 70%.  
Matilla_2  
Calama_1  
Calama_2  
SanPedro_1  
SanPedro_2  
SanPedro_3  
SanPedro_4  
Copiapo_1  
Copiapo_2  
Copiapo_3  
Totoral_1  
ADC_1  
Evaluación de nuevos marcadores SSR por PCR  
En total, se seleccionaron aleatoriamente 41 pares  
de cebadores y para la detección de polimorfismos  
estos se probaron en los 30 individuos de chañar  
procedentes de 5 sitios. La reacción en cadena  
de las polimerasas (Polymerase Chain Reaction,  
PCR) se llevó a cabo en un volumen de 16 µL que  
contenía 1X de SapphireAmp Fast PCR Master Mix  
Atacama  
Atacama  
Atacama  
Atacama  
ADC_2  
Atacama  
Vicuña_1  
Elqui_2  
Coquimbo  
Coquimbo  
Coquimbo  
Coquimbo  
Coquimbo  
Coquimbo  
(2X) (Takara-Clontech, EE. UU.), 16 ng de ADN  
genómico (5 ng/µL), 0,3 µM de cada cebador sentido  
y antisentido (5 µM) y agua libre de nucleasas. La  
amplificación por PCR del ADN se realizó en un  
ciclador térmico Labnet MultiGene OptiMax de  
acuerdo con el siguiente protocolo: desnaturalización  
a 94 ºC durante 3 min; 40 ciclos de 94 °C durante 25  
s, Ta °C (temperatura de hibridación, ver Tabla 3)  
durante 25 s y 72 °C durante 25 s; y una extensión  
final a 72 ° C durante 3 min. Los productos de  
Coquim_1  
Coquim_2  
Coquim_3  
Coquim_4  
Búsqueda de SSRs  
Las lecturas de secuenciación sin procesar se amplificación se analizaron posteriormente mediante  
sometieron a un riguroso proceso de filtrado. Se electroforesis en geles de agarosa al 3 %, teñidos con  
eliminaron las lecturas con > 10% de bases con tinción de ADN GelRed (10.000X, Biotium). Los  
una puntuación de calidad de Q <30 (control de tamaños de banda se aproximaron basándose en un  
calidad Q30), lecturas que representaban ARN marcador de ADN de 100 pb (Thermo Fisher).  
536  
R. Contreras et al. - Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans  
Validación de marcador SSR  
Tabla 2. Resultados de la búsqueda de  
microsatélites en Geoffroea decorticans, utilizando  
el software MISA.  
Se usaron 30 individuos de chañar para obtener  
productos PCR de 41 marcadores SSR y con ello  
determinar el tamaño de los alelos y el nivel de  
polimorfismo. Además, se seleccionaron al azar 18  
marcadores SSR para confirmar la existencia de los  
motivos repetidos SSR, a partir de una muestra de  
ADN de chañar se prepararon productos SSR-PCR,  
los cuales luego fueron purificados con el KitWizard  
SV Gel and PCR Clean-Up System (Promega,  
Wisconsin, USA), secuenciados por Macrogen  
Inc. y analizados con el programa Chromas Pro v1  
Número  
Categoría  
Total  
Número total de secuencias examinadas  
1.251.353  
98.937.034  
144.117  
Tamaño total de secuencias examinadas  
(pb)  
1
Número total de SSR identificados  
Número de secuencias que contienen  
SSR  
1
28.278  
4.159  
14.778  
Número de secuencias que contienen  
más de 1 SSR  
1
(Technelysium Pty, Ltd). Se analizó la presencia de  
Número de SSR presentes en la formación  
de compuesto  
alelos nulos en cada locus con el programa MICRO-  
CHECKER v.2.2.3 (van Oosterhout et al., 2004).  
Para cada locus, se evaluó el equilibrio de Hardy-  
Weinberg (HWE) y el desequilibrio de ligamiento  
(LD) con pruebas de permutación (10.000) entre general, con respecto a las seis clases de motivos  
todos los pares de pruebas de loci utilizando SSR, la cantidad de loci disminuyó a medida que  
Arlequin v. 3.1 (Excoffier et al., 2005). Los análisis aumentaba en el número de repeticiones (Fig. 1).  
estadísticos de la información de los SSRs, incluido De acuerdo con la distribución de microsatélites  
el número de alelos y la frecuencia de los alelos, se sobre la base del tipo de motivo, las repeticiones  
calcularon con el programa GenAlEx v. 6.5 (Peakall de mononucleótidos A/T estuvieron altamente  
&
Smouse, 2012). El contenido de información de representadas (105.806) en las secuencias de G.  
polimorfismo (PIC) para cada locus SSR se estimó decorticans, mientras que el motivo C/G estaba  
de acuerdo con la fórmula PIC = 1 - Σpi2, donde pi escasamente representado de acuerdo al número  
es la frecuencia de los diferentes alelos detectados de SSR (4.043) (Fig. 2). Entre las repeticiones en  
en un locus particular. Un valor de PIC de menos tándem de dinucleótidos, la frecuencia más elevada  
de 0,25 indica un polimorfismo bajo, un valor entre se observó para los dímeros AG/CT (10.459),  
0
,25 y 0,5 indica un polimorfismo medio y un valor seguidos de los dímeros AT/AT (6.879), AC/GT  
superior a 0,5 indica un locus altamente polimórfico (4.043) y CG/CG (48); los motivos de repetición  
Botstein et al., 1980). de trinucleótidos más comunes fueron AAT/ATT  
(
(
(
4.244), seguidos de AAG/CTT (2.685), AAC/GTT  
1.640), ATC/ATG (885), ACC/GGT (527) y AGG  
reSultaDoS  
/CCT (437) (Fig. 2).  
De 41 pares de cebadores, un total de 38  
Se identificó un total de 144.117 loci de (93%) presentaron productos y patrones aceptables  
microsatélites entre los cóntigos ensamblados por de amplificación, sin embargo, tres pares de  
el programa MISA (Tabla 2). Las repeticiones cebadores (7%; SSRGD10371, SSRGD20347,  
de mononucleótidos fueron las más abundantes, SSRGD9953) presentaron una débil intensidad  
representando 109.988 (76,31%) del total de SSR; de producto de amplificación (Tabla 3), no  
seguido de repeticiones de dinucleótidos (21.429; siendo finalmente considerados en los siguientes  
1
7
1
0
0
4,86%), repeticiones de trinucleótidos (10.766; análisis. Se logró confirmar la presencia  
,47%), repeticiones de tetranucleótidos (1.504; del motivo SSR en la secuencia de ADN de  
,04%), repeticiones de pentanucleótidos (312; todos los productos de amplificación SSR-PCR  
,21%) y repeticiones de hexanucleótidos (118; (dieciocho seleccionados al azar); en nueve de  
,08%). La longitud de SSR más frecuente para los ellos (SSRGD7064, SSRGD12134, SSRGD17398,  
mononucleótidos fue de 10 pb (41.104), mientras SSRGD14851, SSRGD6828, SSRGD23664,  
que la de los dinucleótidos y trinucleótidos fue de SSRGD9382, SSRGD11733 y SSRGD20874)  
6
pb (4.704) y 5 pb (4.312), respectivamente; en la secuencia de ADN se alineó muy bien a la  
537  
Bol. Soc. Argent. Bot. 56 (4) 2021  
Tabla 3. Características de 41 loci SSR validados en Geoffroea decorticans.  
Tamaño  
fragm.  
T
°C)  
N°  
alelos.  
Locus  
Motivo  
Secuencia de primers (5’–3’)  
Acceso  
PIC Ho He  
(
(pb)  
F: CACCCTTGTTTCACCTCTGA  
R: TTGCGTGAATGAAGTGAAAA  
F: TCCAACTATTGCCCCAGTTC  
R: CAAGTAAAAGACTACAAAAAGCCAGA  
F: CATCAGAACTCCGCAGTCAA  
R: CCACGATCGTAAGCCAAAAT  
F: GAGATGAAGCTTACGCTGGAA  
R: TTGAACGAACTGGAAACTATGG  
F: GAAGGCGTGATGTTGTTCCT  
R: CGTCCTGGTCCAACTTCAAT  
F: CTCCTCAGAGCAACCAGGTC  
R: GGAGGAGAGGTGCGAGTATG  
F: CTGTCCTGGCAAGAGGAAAC  
R: CAACCCCCTTTTCACCACTA  
F: CATGCCACAACCCAACATTA  
R: CGGTTTACAAGGGATGCAAT  
F: ATGCTCCACAACAACCTCCT  
R: ATTCGCCGAACTTCACTTTG  
F: GGTATCATGGAGCCCTAAGC  
R: TAATTCGACAAAGGGGTGGA  
F: TTGCAGCGAGTGACTACAGC  
R: CTTGTTTGGCCTTGACCCTA  
F: ACCATGATCACAACCACCAA  
R: ATACAAGTGGAACCAACATTTAGATA  
F: CGCCAGTTTCACTTTCAGAAC  
R: CTGACAATGACCAGGAAAATGA  
F: CAGAGGATTGAGGGTGTGGT  
R: AAGCAGCGGTTCCATATCAC  
F: TGCATTGAAAGTGAAGAAAAGAA  
R: GCCACATTTCAGGTTATAACACAC  
F: GCGGTGGGTTATAGTGGAGA  
R: TCCCTCACTAGCTCCTCTTCC  
F: CAAATTGGGAGCGAGCTAAG  
R: CTTGTTGTTGTTGCCACTGC  
F: GTGAGCGTTGACCCTTCC  
SSRGD18579  
SSRGD20374  
SSRGD27376  
SSRGD27558  
SSRGD25591  
SSRGD18623  
SSRGD7064  
SSRGD7447  
SSRGD12134  
SSRGD17398  
SSRGD14851  
SSRGD7345  
SSRGD6828  
SSRGD10786  
SSRGD23664  
SSRGD17837  
SSRGD17951  
SSRGD11258  
SSRGD18579  
(AGA)9  
(TTA)13  
(TTA)10  
(GT)14  
MW834594 58  
MW834595 58  
MW834596 58  
MW834597 58  
140  
129  
142  
150  
6
8
5
9
4
6
4
5
3
2
5
7
5
7
5
5
6
9
6
0.57 0.467 0.433  
0.82 0.667 0.578  
0.67 0.687 0.572  
0.86 0.733 0.483  
0.65 0.967 0.589  
0.70 0.567 0.475  
0.54 0.400 0.431  
0.65 0.247 0.495  
0.60 0.033 0.342  
0.49 0.633 0.464  
0.68 0.867 0.597  
0.76 0.533 0.583  
0.50 0.333 0.447  
0.80 0.633 0.569  
0.72 0.767 0.553  
0.78 0.667 0.661  
0.78 0.467 0.669  
0.80 0.800 0.633  
0.57 0.467 0.433  
(TTC)8  
(TTC)13  
(ACC)9  
(ACC)8  
(ACC)7  
(ACC)7  
(ATC)9  
(ATC)13  
(ATC)14  
(AG)21  
(AG)20  
(AG)28  
(AG)24  
(CT)26  
MW834598 58,5 123  
MW834599 55  
119  
MW834600 58,5 152  
MW834601 60  
115  
MW834602 58,5 122  
MW834603 58,5 115  
MW834604 58,5 150  
MW834605 55  
MW834606 59  
120  
186  
MW834607 58,5 151  
MW834608 58,5 118  
MW834609 59  
MW834610 59  
MW834611 60  
MW834594 58  
147  
186  
136  
140  
R AGATTCAGAGAAGTTGCAAAGG  
F: CACCCTTGTTTCACCTCTGA  
R: TTGCGTGAATGAAGTGAAAA  
(AGA)9  
538  
R. Contreras et al. - Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans  
Tamaño  
fragm.  
T
°C)  
N°  
alelos.  
Locus  
Motivo  
Secuencia de primers (5’–3’)  
Acceso  
PIC Ho He  
(
(pb)  
F: TCCAACTATTGCCCCAGTTC  
R: CAAGTAAAAGACTACAAAAAGCCAGA  
F: CATCAGAACTCCGCAGTCAA  
R: CCACGATCGTAAGCCAAAAT  
F: GAGATGAAGCTTACGCTGGAA  
R: TTGAACGAACTGGAAACTATGG  
F: GAAGGCGTGATGTTGTTCCT  
R: CGTCCTGGTCCAACTTCAAT  
F: CTCCTCAGAGCAACCAGGTC  
R: GGAGGAGAGGTGCGAGTATG  
F: CTGTCCTGGCAAGAGGAAAC  
R: CAACCCCCTTTTCACCACTA  
F: CATGCCACAACCCAACATTA  
R: CGGTTTACAAGGGATGCAAT  
F: ATGCTCCACAACAACCTCCT  
R: ATTCGCCGAACTTCACTTTG  
F: GGTATCATGGAGCCCTAAGC  
R: TAATTCGACAAAGGGGTGGA  
F: TTGCAGCGAGTGACTACAGC  
R: CTTGTTTGGCCTTGACCCTA  
F: ACCATGATCACAACCACCAA  
R: ATACAAGTGGAACCAACATTTAGATA  
F: CGCCAGTTTCACTTTCAGAAC  
R: CTGACAATGACCAGGAAAATGA  
F: CAGAGGATTGAGGGTGTGGT  
R: AAGCAGCGGTTCCATATCAC  
F: TGCATTGAAAGTGAAGAAAAGAA  
R: GCCACATTTCAGGTTATAACACAC  
F: GCGGTGGGTTATAGTGGAGA  
R: TCCCTCACTAGCTCCTCTTCC  
F: CAAATTGGGAGCGAGCTAAG  
R: CTTGTTGTTGTTGCCACTGC  
F: GTGAGCGTTGACCCTTCC  
SSRGD20374  
SSRGD27376  
SSRGD27558  
SSRGD25591  
SSRGD18623  
SSRGD7064  
SSRGD7447  
SSRGD12134  
SSRGD17398  
SSRGD14851  
SSRGD7345  
SSRGD6828  
SSRGD10786  
SSRGD23664  
SSRGD17837  
SSRGD17951  
SSRGD11258  
SSRGD3584  
SSRGD11733  
(TTA)13  
(TTA)10  
(GT)14  
(TTC)8  
(TTC)13  
(ACC)9  
(ACC)8  
(ACC)7  
(ACC)7  
(ATC)9  
(ATC)13  
(ATC)14  
(AG)21  
(AG)20  
(AG)28  
(AG)24  
(CT)26  
MW834595 58  
MW834596 58  
MW834597 58  
129  
142  
150  
8
5
9
4
6
4
5
3
2
5
7
5
7
5
5
6
9
4
5
0.82 0.667 0.578  
0.67 0.687 0.572  
0.86 0.733 0.483  
0.65 0.967 0.589  
0.70 0.567 0.475  
0.54 0.400 0.431  
0.65 0.247 0.495  
0.60 0.033 0.342  
0.49 0.633 0.464  
0.68 0.867 0.597  
0.76 0.533 0.583  
0.50 0.333 0.447  
0.80 0.633 0.569  
0.72 0.767 0.553  
0.78 0.667 0.661  
0.78 0.467 0.669  
0.80 0.800 0.633  
0.41 0.233 0.358  
0.73 0.767 0.667  
MW834598 58,5 123  
MW834599 55  
119  
MW834600 58,5 152  
MW834601 60  
115  
MW834602 58,5 122  
MW834603 58,5 115  
MW834604 58,5 150  
MW834605 55  
MW834606 59  
120  
186  
MW834607 58,5 151  
MW834608 58,5 118  
MW834609 59  
MW834610 59  
MW834611 60  
MW834612 55  
MW834613 55  
147  
186  
136  
165  
113  
R AGATTCAGAGAAGTTGCAAAGG  
F: TTCTTTGTTGGCCTTGATGA  
R:TGAAAGGTATAGATCGTCGTACTAAAA  
F: GGGTTTCAAAGTTCATTTACCAA  
R: AAGCAGAACCCACATGCTCT  
(CT)21  
(CT)21  
539  
Bol. Soc. Argent. Bot. 56 (4) 2021  
Fig. 1. Distribución de seis clases de motivos SSR (mono a hexanucleótidos) con diferentes números de  
repeticiones en Geoffroea decorticans.  
Fig. 2. Número de SSR en Geoffroea decorticans según los tipos de motivos.  
540  
R. Contreras et al. - Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans  
secuencia de referencia (obtenida por NGS), sin Mb de secuencias obtenidas de la plataforma de  
embargo, en las demás secuencias (SSRGD7345, secuenciación Illumina. El primer estudio genético  
SSRGD4487, SSRGD23813, SSRGD8997, realizado en una especie del género Geoffroea  
SSRGD8699, SSRGD18623, SSRGD17951, utilizando marcadores SSR fue realizado por  
SSRGD17837 y SSRGD11258) se observaron Naciri-Graven et al. (2005) y Caetano et al. (2012)  
ambigüedades con respecto a la secuencia de en la especie G. spinosa. Mientras que los primeros  
referencia. En cuanto a la presencia de alelos estudios de diversidad genética en poblaciones de  
nulos, once loci mostraron evidencias de alelos G. decorticans se realizaron utilizando marcadores  
nulos: SSRGD20374, SSRGD7447, SSRGD12134, ISSR y RAPD (Contreras et al., 2018) y luego a  
SSRGD7345, SSRGD6828, SSRGD10786, partir de la transferencia de marcadores SSR desde  
SSRGD17951, SSRGD3584, SSRGD4487, la especie G. spinosa (Contreras et al., 2019). Con  
SSRGD20874 y SSRGD8599. Dieciocho loci el fin de obtener una mayor resolución en estudios  
presentaron desviaciones significativas de de variabilidad y estructura genética de poblaciones  
equilibrio de Hardy-Weinberg (P < 0,05) y 11 de G. decorticans, era necesario un mayor número  
loci (SSRGD7064, SSRGD7447, SSRGD12134, de marcadores SSR de la especie, ya que hasta el  
SSRGD7345, SSRGD6828, SSRGD17951, momento no se habían desarrollado marcadores  
SSRGD3584, SSRGD16736, SSRGD20874, codominantes específicos para G. decorticans. Más  
SSRGD8699 y SSRGD8599) no satisfacen el aún, los marcadores aquí desarrollados podrían ser  
equilibrio de Hardy-Weinberg, reflejando un déficit transferibles a otras especies del género Geoffroea,  
en el número de heterocigotos. Las pruebas de como G. spinosa. Los avances realizados en  
desequilibrio de ligamiento fueron significativas “Next Generation Sequencing” (NGS) han  
en 78 pares de loci para todas las poblaciones (P < proporcionado un nuevo escenario para la detección  
0
,05), pero después de la corrección de Bonferroni, de microsatélites y en las últimas décadas se han  
ninguno de los pares de loci fue significativo. desarrollado varios proyectos basados en NGS,  
Los fragmentos amplificados variaron de 106 pb generando una enorme cantidad de secuencias  
a 225 pb; y el número de alelos varió de 2 a 9, disponibles en bases de datos públicas (Vieira  
con un promedio de 4,7 (Tabla 3). El valor PIC et al., 2016). En nuestro estudio se obtuvieron  
de los 41 loci SSR osciló entre 0,32 y 0,86, con aproximadamente 128.000 secuencias SSR (el resto  
un promedio de 0,64 (Tabla 3), de los cuales 30 ~16.000 secuencias obtenidas fueron imperfectas)  
loci SSR exhibieron elevado polimorfismo, 8 loci para G. decorticans mediante secuenciación NGS,  
presentaron moderado polimorfismo y ningún lo cual constituyó un número elevado con respecto  
loci manifestó bajo polimorfismo (Tabla 3). Por al número de secuencias SSR obtenidas en otras  
otro lado, el nivel de la heterocigosis observada especies de la familia Fabaceae como Dalbergia  
(
Ho) fue entre 0,033 y 0,967, mientras que la odorifera (35.774 secuencias SSR; Liu et al., 2019)  
heterocigosis esperada (He) fue entre 0,056 y 0,669. y Mimosa scabrella Benth (290 secuencias SSR;  
Las 41 secuencias SSR usadas en este estudio Saiki et al., 2017), y un número similar a Acacia  
fueron depositadas individualmente en la base de koa (130.931 secuencias SSR; Lawson & Ebrahimi,  
datos de GenBank (desde el acceso MW834594 2018).  
-
MW834634), no obstante, las demás secuencias  
En Argentina, el chañar es uno de los árboles  
SSRs de G. decorticans (~128.000 secuencias SSR) más característicos del Chaco Argentino (Giménez  
se ingresaron en la página web “Sequence Read & Moglia, 2003). De acuerdo a Orrabalis (2014),  
Archive (SRA)” del NCBI, bajo la identificación el chañar está asociado a otros géneros, como  
BioProject ID PRJNA719569 y acceso a BioSample Prosopis, Aphyllanthes y Schinus, entre otros, los  
SAMN18613292.  
cuales están establecidos en la Provincia Chaqueña,  
Provincia del Monte y Provincia del Espinal en  
una superficie de 67.490.000 ha, 43.380.000 ha  
y 33.000.000 ha, respectivamente. Mientras que  
en todo el territorio chileno la superficie total es  
DiScuSión  
En el presente estudio, se desarrollaron de aprox. 2.000 ha (MMA 2021). Sin duda, estas  
marcadores SSR para G. decorticans a partir de 198 diferencias de superficie hacen importante el estudio  
541  
Bol. Soc. Argent. Bot. 56 (4) 2021  
de poblaciones de chañar en Argentina, con el fin un analizador de fragmentos. En ese caso, se  
de construir la primera línea base de la estructura recomienda utilizar el método de tres cebadores  
genética de esta valiosa especie. Los 38 loci SSR propuesto por Schuelke (2000) para economizar el  
polimórficos obtenidos en este trabajo también marcado de los cebadores fluorescentes.  
podrían ser útiles para estudiar poblaciones de  
En conclusión, por primera vez se han  
chañar en Bolivia, Chile, Perú, Paraguay y Uruguay. desarrollado marcadores SSR putativamente  
Además, estos marcadores codominantes podrían neutros para la especie G. decorticans con el fin de  
identificar y confirmar especies (Daïnou et al., apoyar estudios genéticos para la conservación de  
2
016), subespecies (Besnard et al., 2008) o quizás la especie. El presente estudio provee un conjunto  
variantes del género Geoffroea, como por ejemplo de 38 nuevos marcadores SSR polimórficos,  
G. decorticans var decorticans, G. decorticans var. los cuales podrían servir como una herramienta  
subtropicalis descrita por Lamarque et al. (2009), efectiva para estimar diversidad genética, flujo de  
o bien las especies G. horsfieldii y G. violaceae la polen, estructura genética de poblaciones y para ser  
cuales aún no están del todo definidas en el género empleado en programas de mejora.  
(Plant List, 2021).  
En el norte de Chile, particularmente en el  
Desierto de Atacama, recientemente se han contribución De loS autoreS  
realizado estudios con marcadores SSR específicos  
en especies de Fabáceas como Prosopis chilensis,  
RC diseñó la investigación, coleccionó el  
Prosopis alba, Prosopis flexuosa (Moncada et material de campo, dirigió la investigación y  
al., 2019; Bessega et al., 2021) y Balsamocarpon registró las muestras en herbario. MA, WHM y BD  
brevifolium (Stoll et al., 2020), sin embargo, no procesaron las muestras y realizaron los ensayos  
se han estudiado marcadores SSR específicos para moleculares. RC, WHM y FC realizaron los análisis  
G. decorticans. En esta última especie, se realizó de los datos. RC, FC, WHM, MA y BD participaron  
un estudio con cinco marcadores SSR en ocho en la revisión y escritura del manuscrito  
poblaciones de chañar (84 individuos en total), de  
los cuales tres marcadores (Gsp.A149, Gsp.B284  
y Gsp.A104) mostraron un elevado polimorfismo aGraDecimientoS  
(
(
PIC > 0,78) y elevado número de alelos (>9)  
Contreras et al., 2019), mientras que en el presente  
Este trabajo fue financiado por la Universidad de  
trabajo, para 30 individuos, se observó un elevado Atacama en el marco del Proyecto DIUDA 19/18,  
polimorfismo (PIC > 0,78) en siete marcadores 22380, y por el proyecto FIC BIP 30432984-0 del  
(
SSRGD20374, SSRGD27558, SSRGD10786, Gobierno Regional de Atacama. Agradecemos a la  
SSRGD17837, SSRGD17951, SSRGD11258 y Corporación Nacional Forestal (CONAF) por el  
SSRGD12427) y también elevados valores (PIC permiso de muestreo. Por otro lado, agradecemos  
>
0,5) en 31 marcadores SSR. Por lo tanto, el los valiosos comentarios realizados por los  
presente trabajo proporciona un elevado número evaluadores. Además, se agradece el apoyo de  
de marcadores SSR polimórficos exclusivos para el Isabel J. Arias, Roberto C. Jordán y César C. Jordán  
estudio genético de poblaciones de G. decorticans, en las labores de muestreo.  
siendo interesante en el futuro considerarlos para  
estudios de estructura genética en poblaciones de  
países del cono sur, sobre todo donde se encuentra biblioGrafía  
más poblado, como Argentina. De todas maneras,  
sería recomendable que en futuros estudios de ALEKSIC, J. M., D. STOJANOVIĆ, B. BANOVIĆ & R.  
diversidad y estructura genética de poblaciones  
naturales de Geoffroea decorticans se seleccione  
desde este estudio un set menor de marcadores  
SSRs y realizar un análisis con un mayor número  
JANČIĆ. 2012. Asimple and efficient DNA isolation  
method for Salvia officinalis. Biochem. Genet. 50:  
881-892.  
https://doi.org/10.1007/s10528-012-9528-y  
de individuos, de manera de cuantificar los alelos BESNARD, G., C. GARCIA-VERDUGO, R. R. DE  
con cebadores fluorescentes y procesarlos en CASAS, U. A. TREIER, N. GALLAND ꢀ P.  
542  
R. Contreras et al. - Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans  
VARGAS. 2008. Polyploidy in the olive complex  
Olea europaea): evidence from flow cytometry and  
nuclear microsatellite analyses. Ann. Bot. 101: 25-  
0. https://doi.org/10.1093/aob/mcm275  
their transferability to species of the Strombocarpa  
section. For. Syst. 29: e012.  
https://doi.org/10.5424/fs/2020292-16706  
(
3
CONTRERAS, R., L. VAN DEN BRINK, B. BURGOS,  
M. GONZÁLEZ & S. GACITÚA. 2020b. Genetic  
Characterization of an Endangered Chilean Endemic  
Species, Prosopis burkartii Muñoz, Reveals its  
Hybrids Parentage. Plants 9: 744.  
BESSEGA, C., C. POMETTI, R. FORTUNATO, F.  
GREENE, C. M. SANTORO & V. MCROSTIE.  
2
021. Genetic studies of various Prosopis species  
(Leguminosae, Section Algarobia) co-occurring in  
oases of the Atacama Desert (northern Chile). Ecol.  
Evol. 11: 2375– 2390.  
https://doi.org/10.1002/ece3.7212  
https://doi.org/10.3390/plants9060744  
COSTAMAGNA, M. S., R. M. ORDOÑEZ, I.  
C. ZAMPINI, J. E. SAYAGO & M. I. ISLA.  
2013. Nutritional and antioxidant properties of  
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